1. Muzium di Raja Abu Bakar
Muzium ini merupakan muzium yang tertua di Johor yang di bina pada tahun 1866. Bangunan ini telah di tauliahkan oleh Almarhum Sultan Abu Bakar dan turut dikenali sebagai Istana Besar Johor.
2. Muzium Kota Tinggi
Muzium Kota Tinggi merupakan sebuah muzium yang terletak di Kota Tinggi, Johor. Muzium ini di bina pada 14 April 1997 dan telah siap pada 11 Jun 1999. Kemudian mula di buka kepada umum pada tahun 2002. Muzium ini banyak menonjolkan sejarah dan tinggalan sejarah pada zaman pemerintahan Kerajaan Johor Lama.
3. Muzium Warisan Tiong-Hua Johor Bahru
Muzium Tiong-Hua ini di bina oleh Persatuan Tiong-Hua bagi memastikan generasi berkenaan tidak terpisah daripada asal usul mereka. Muzium yang bertema ‘Mengekalkan Warisan Sejarah Nenek Moyang Untuk Generasi Muda’ itu terletak di Jalan Ibrahim, Johor Bahru.
4. Muzium Nenas
Negeri Johor merupakan antara pengeluar utama nenas di Malaysia. Muzium Nenas ini mempunyai bangunan dua tingkat yang menyimpan segalanya berkenaan sejarah, teknik dan kemajuan industri nenas di Malaysia.
5. Muzium Bugis
Muzium Bugis ini terletak di Pontian, Johor. Muzium ini merupakan salah satu tarikan yang ada di daerah Pontian. Muzium ini di buka setiap hari kecuali pada waktu malam sahaja.
6. Muzium Layang-Layang Pasir Gudang
Muzium Layang-Layang Pasir Gudang merupakan muzium pertama di Malaysia yang mempamerkan pelbagai bahan yang berkaitan dengan layang-layang.