Sejarah Johor bermula pada tahun 801 Masihi sebagai suatu petempatan perdagangan yang penting. Pada tahun 1511, Melaka telah dikuasai oleh Portugis, Sultan Melaka pada pada waktu itu iaitu Sultan Mahmud Shah telah berundur ke Pahang dan kemudiannya ke Bentam di Johor. Kesultanan Johor ditubuhkan oleh Sultan Alauddin Riayat Shah II, anakanda Sultan Mahmud Shah.
Pada tahun 1946, negeri Johor menjadi sebahagian daripada Malayan Union. Dua tahun kemudian, Johor menyertai Persekutuan Tanah Melayu dan seterusnya persekutuan Malaysia pada tahun 1963. Kesultanan Johor meneruskan sistem pentadbiran seperti yang diamalkan di Melaka. Kuasa pemerintah tertinggi Sultan. Sultan dibantu oleh Majlis Orang Kaya, berperanan menasihati Sultan. Ahli majlis ini ialah Bendahara, Temenggong, Laksamana, Shahbandar dan Seri Bija Diraja. Pada kurun ke 18, Bendahara tinggal di Pahang dan Temenggong Johor di Teluk Belanga, Singapura. Setiap mereka berperanan mentadbir kawasan mereka itu dengan kuasa yang diberikan oleh Sultan Johor. Oleh itu, kuasa pusat Empayar Johor dipecahkan.Ia menjadikan Empayar Johor terdiri dari 4 vasal/wilayah pegangan atau wilayah yang dipertanggungjawabkan kepada pembesar tertentu.
Wilayah Muar dibawah Raja Temenggung Muar, Pahang dibawah kekuasaan Bendahara Johor, Riau dibawah Yang Dipertuan Muda dan tanah besar Johor dan Singapura dibawah kekuasaan Temenggung Johor. Sultan hanya berkuasa di Lingga dan pulau-pulau sekitarnya sahaja. Seluruh empayar Johor diketuai oleh Sultan yang bersemayam di Pulau Lingga. Muar kemudiannya diambil oleh Sultan Abu Bakar dari wangsa Temenggung dengan syarat dibayar pencen setiap bulan kepada pewaris Raja Temenggong Muar untuk selama-lamanya. Pentadbiran pusat kekuasaan telah beberapa kali berpindah di Sayong Pinang, Kota Kara, Seluyut, Johor Lama, Batu Sawar dan Kota Tinggi, semua di Johor darat dan kemudian ke Riau dan Pulau Lingga. Kemudian beralih dengan kelahiran Kesultanan Johor moden di Tanjung Puteri, yang sekarang dikenali sebagai Johor Bahru.