Warna putih pada anak bulan dan bintang: Raja yang berdaulat.
Simbol anak bulan dan bintang : lambang Agama Islam yang menjadi agama rasmi negeri Johor.
Bahagian bewarna merah : keberanian dan ketabahan hulubalang dan pengikut Sultan Abu Bakar yang bersama-sama menerokai dan memajukan Johor.
Maksud warna biru tua (Navy Blue) yang dipadankan dari warna laut : kerajaan dan rakyat.
Sumber: https://www.johor.gov.my/kerajaan/lambang-kerajaan/bendera-johor